Donde San Pablo habla de la justificación por la fe él no ve castigo y recompensa sino únicamente una absolución divina completamente inmerecida. No hay "méritos" delante de Dios. Sólo la fe, es decir, la confianza total en los méritos de Cristo en la cruz, salva. Pero el hombre sigue siendo pecador, ya que la justificación se aplica sólo externamente (homo simul peccator, simul justus). La justificación no es por tanto, la renovación y santificación del alma, como enseña la doctrina católica, sino únicamente la no imputación del pecado; no es activa, sino pasiva (gratia = misericordia, favor Dei). Su doctrina de la justificación por la fe, junto con la pronta negación del libre arbitrio se completó pronto por la certeza de la salvación para aquellos cuya fe es verdadera confianza. Sin embargo, por la imprecisión teológica de la época, Lutero no vio toda la trascendencia que tenían estos planteamientos, todos ellos anteriores a 1517.

        Sin embargo, parece claro que sus posturas contrastaban vivamente con muchos de los predicadores de la época, especialmente con los que no hablaban sino de obras, a veces puramente materiales, como muchos de los que estaban entonces predicando las indulgencias concedidas para la construcción de la basílica de San Pedro. Para gran parte de Alemania habían sido encomendadas al joven príncipe-arzobispo Alberto de Brandemburgo, que esperaba pagar con sus beneficios el préstamo que le habían hecho los banqueros Fugger para abonar a Roma los derechos y tasas por sus tres arzobispados. La mitad de las limosnas recaudadas por las indulgencias iba a Roma, la otra mitad se la quedaba el arzobispo, por lo que recomendó al dominico Juan Tetzel dar seguridades a los fieles de que su inversin era rentabíe. De hecho Tetzel llegó a decir que la simple limosna bastaba para aplicar la indulgencia a los difuntos. Cuando tales predicaciones llegaron cerca de Wittemberg, Lutero consideró conveniente defender la sana doctrina, para lo que el 31 de octubre de 1517 envio a Alberto de Brandemburgo 95 tesis latinas sobre el valor de las indulgencias.

        La reclamación de Lutero no fue atendida por el arzobispo, pero las tesis se difundieron muy rápidamente y fueron muy bien acogidas en Alemania. Muchos las vieron como el punto de partida para la deseada reforma de la Iglesia, aunque no faltaron contradictores que detectaron errores en Lutero, como el propio Tetzel y, sobre todo, Juan Eck. Lutero empezó a responder a sus contradictores marcando aún más sus posiciones y pronto fue denunciado a Roma. Federico de Sajonia consiguió que su causa se viese en Alemania, ante el legado pontificio Cayetano en la dieta de Augsburgo (12-24 de octubre de 1518). Lutero no sólo no retractó su negación de Thesaurus Ecclesiae (tesis 58) ni su afirmación de que la sola fe confería eficacia a los sacramentos, sino que huyó de Augsburgo apelando notarialmente "a papa non bene informato, ad melius informandum".

        León X no quiso proceder violentamente y envió la Rosa de Oro a Federico de Sajonia para que retirase su protección a Lutero, sin éxito. En ese mismo año empezaron las disputas teológicas entre partidarios y contradictores de Lutero. La más significativa es la disputa de Leipzig, centrada en el Primado del papa (tesis 13) en la que, ante las argumentaciones de Juan Eck, Lutero se vio obligado, para mantener su postura sobre la justificación, a afirmar que el Primado no era de institución divina, que no era necesario para la salvación, que los Concilios tampoco eran infalibles y que la única autoridad en la Iglesia era la Escritura. La disputa de Leipzig es clave porque en ella Lutero formuló con precisión sus principios heréticos sobre la Iglesia y el papado. Como consecuencia, León X condenó 41 proposiciones y le conminó a retractarse. Lutero respondió en 1520 con tres escritos programáricos: "A la cristiana nobleza de la nación alemana", "Sobre la cautividad babilnica de la Iglesia" y "La libertad cristiana". Con ellos se erigió en portavoz revolucionario del pueblo alemán contra "la tiranía romana" e incitó a los principes a tomar en sus manos la reforma de la Iglesia, independizándola de Roma.

Modos de claro encono con la Jerarquía

        En el "Manifiesto..." mantiene que es preciso derribar los muros tras los que se parapeta la curia romana, entre ellos la pretensión de que el poder espiritual es superior, ya que no existe ninguna diferencia de estado. Propone suprimir el celibato, las reservas y los numerosos días festivos.

        El escrito "Sobre la cautividad..." está dirigido a los teólogos y se centra en la doctrina de los sacramentos. Según él, la transubstanciación no pasa de ser una teora de escuela, aunque afirma la presencia real de Cristo en la cena. Admite sólo bautismo y eucarista –y la penitencia con restricciones–, aunque liberándolos también de sus cautiverios, y ataca fuertemente el carácter sacrificial de la Misa. Este escrito reveló para muchos coetáneos que Lutero no podía ser el verdadero reformador de la Iglesia, ya que rompía con verdades esenciales. Enrique VIII escribió contra él su Assertio septem sacramentorum, por lo que el Papa le concedió el titulo de defensor fidei, y el propio Erasmo consideró la ruptura de Lutero con la Iglesia como irreversible desde este escrito.

        "La libertad cristiana" en cambio es un alegato de defensa posterior a la Bula Exsurge Domine, que le amenazó de excomunión. Lutero echó toda la culpa de la situación a su oponente Juan Eck, al que llama servidor de Satanás y enemigo de Cristo y de la verdad.

        No obstante, el proceso romano siguió mientras su curso: tras la Bula Exsurge Domine de 20 de junio, que Lutero quemó públicamente meses después, el Papa le excomulgó con la Bula Decet Romanum Pontificem el 3 de enero de 1521 .